对于灵活就业人员填写户口性质时，应根据实际情况选择"非农业户口"或"非农业户口(外地)"。

原因如下：灵活就业人员通常在城市从事非农业工作，与农业户口不符合；"非农业户口"适用于在本地城市有户口的人员；"非农业户口(外地)"适用于在外地城市有户口的人员。选择正确的户口性质填写有助于准确反映灵活就业人员的身份和工作情况，方便相关统计和政策适用。